2006年9月22日21時36分（UTC）、M-Vロケット7号機で打ち上げられ、近地点高度約280 km、遠地点高度約686 km、軌道傾斜角98.3°の初期軌道に投入された。打ち上げ16時間後に、XRTの蓋が加熱により開くというトラブルが発生したが、この蓋は地上から軌道上に至るまでのあいだ望遠鏡を保護するためのものであるため、問題とはならなかった。9月27日から10月3日にかけて軌道の変更を行い、高度約680 kmの太陽同期軌道を廻る最終的な軌道に移行した。
10月14日にSOTの排熱孔が開放された。
10月16日にXRTとEISの電源が投入された。10月17日から18日にかけてSOTの検出器の電源が投入された。10月24日までに観測機器の動作チェックと較正データの取得が行われた。
10月25日にSOTの蓋開けが行われた。10月27日と28日にEISの二つの蓋が開放され、蓋空けオペレーションが全て終了した。ファーストライト画像は10月31日に公開された。
11月9日 水星の日面通過観測。
11月27日 可視光および磁場望遠鏡の初期観測結果が公開された。望遠鏡の口径(50cm)で定まる回折限界性能を達成し、光球表面や彩層の様子を克明に捉えた画像も公開された。特に、カルシウムH線で連続撮影された黒点周囲からのダイナミックな噴出現象をムービー化した映像は、多くのマスメディアにて報道された。
2007年5月27日 ひのでの全観測データの公開が開始された。宇宙航空研究開発機構(JAXA)と国立天文台(NAOJ)が共同開発した「DARTS/HINODEデータ検索/配布システム」を使用して提供される。また、「ひので最新画像」ページも公開され、毎日、日本時間の正午に、前日にひのでによって撮影された太陽の全面画像などが掲載される。
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12月7日 アメリカ科学振興協会発行の学術雑誌「サイエンス」の「ひので特集号」が発行された。ひのでの撮影した映像が表紙を飾り、9本の論文が掲載された。太陽風の加速機構の解明に重要な太陽風の吹き出しの様子をXRTで捉えた映像や、これまで謎とされていたコロナ加熱問題[1]を解き明かすための仮説のひとつである「アルベン波」（別名：アルヴェーン波）を世界で初めて直接捉えた映像などが掲載されている。
予定
+ 2ヶ月、初期観測開始。
+ 6ヶ月、公募観測開始。
+ 1年、カタログスペック上の寿命。